Keanekaragaman Genetik Scorodocarpus borneensis di Riau Berdasarkan Penanda Molekuler RAPD

Dodi Frianto, Aslim Rasyad, Dewi Indriyani Roslim

Sari


Kulim (Scorodocarpus borneensis) merupakan tumbuhan yang hidup di dataran rendah, termasuk dalam kelompok famili Olacaceae dan Ordo Santalale Penelitian ini bertujuan untuk menentukan keanekaragaman genetik di dalam dan antar populasi kulim berdasarkan penanda RAPD di Provinsi Riau dengan menggunakan sampel yang berasal dari  3  populasi  yaitu  populasi  Bengkalis, Kampar dan Indragiri Hulu. Ekstraksi  kambium dilakukan  dengan  modifikasi  metode  cetyl  trimethyl  ammonium bromida (CTAB).  Amplifikasi  DNA  dilakukan  dengan metode  Random  Amlified  Polymorphic  DNA (RAPD)  pada   mesin  PCR System 9700 Applied Biosystems.   Primer  yang  digunakan  adalah  6  primer  hasil  optimasi  keluaran Operon Technology yaitu OPC-6, OPY-6, OPY-13, OPY-14, OPO-6,dan OPW-4.  Dari  total  51  lokus  yang  terdeteksi,  47 (92,16%)  merupakan  lokus polimorfik. Persentase lokus polimorfik memiliki nilai rata-rata 76,50%±0,04, dengan kisaran 71,79% - 79,49%. Rata-rata jumlah alel efektif per lokus adalah 1.359±0,08. Keragaman genetik dalam populasi (He) tergolong tinggi dengan nilai 0,226±0,04 dan indeks  Shanon  memiliki  nilai  0,351±0,06.   Dari  ketiga  populasi  yang  dianalisis, populasi Kampar (He= 0,265±0,18) memperlihatkan tingkat variabilitas yang  jauh lebih tinggi dibanding populasi lainnya. Diferensiasi genetik antar populasi (Gst)  tergolong rendah  dengan  nilai  0.1191.   Sedangkan  besarnya  jarak  genetik Nei  (do)  antar  populasi  berkisar  dari  0,0112 –  0,0825 dengan  nilai  rata-rata 0,0481.  Hubungan kekerabatan genetik antar populasi S. borneensis di Provinsi Riau membentuk dua kelompok. Kelompok pertama, terdiri atas populasi Duri dan Inhu dan kelompok kedua yakni populasi Kampar.


Kata Kunci


Kulim, Provinsi Riau, RAPD, Keanekaragaman Genetik

Teks Lengkap:

PDF

Referensi


Anwar A., 1985, Ringkasan Biologi. Ganesa Exact. Bandung

Bawa, K.S. and M. Hadley. 1990. Reproductive ecology of tropical forest plants. Man an the Biosphere Series. The Parthenon Publishing Group, Paris. 7: 285-289

Collins D, Robert RM, and Michael B., 2003. Species separation of Taxus baccata, Taxus canadensis, and Taxus cuspidate(Taxaceae) and origins of their reputed hybrids inferred from RAPD and cpDNA data. Am J Bot 90(2):175– 82.

Cusker MRM., Mandrak NE., Egeh B., and Lovejoy NR., 2014. Population structure and conservation genetic assessment of the endangered Pugnose Shiner, Notropis anogenus. Can. J. For. Res, 15: 343-353.

Chua LSL (1998) Scorodocarpus Becc. In: Sosef MSM, Hong LT, Prawirohatmodjo S (eds) Plant resources of South-East Asia No 5(3). Timber trees: lesser-known timbers. Prosea Foundation, Bogor: 514–516.

Dewi Indriyani Roslim., 2001, Kemiripan Genetik Tiga Populasi Kelapa dalam dari Tiga Pulau dengan Penanda RAPD, Tesis Sekolah Pasca Sarjana IPB, Bogor (tidak dipublikasikan).

Elfrod S., dan Stansfield W., 2007., Genetika. Edisi Keempat. Penerjemah : Damaring, T. W. Penerbit Erlangga. Jakarta.

Elia Ernawati., 2013, Kajian Konservasi Kulim (Scorodocarpus borneensis Becc.) di Hutan Adat Desa Aur Kuning, Provinsi Riau, Tesis Sekolah Pasca Sarjana IPB, Bogor (tidak dipublikasikan).

Fajarudin A., Yuyu S. Poerba,. 2010,. Penampilan Random Amplified Polymorphic DNA pada Azadiracta indica A. Juss dari Taman Nasional Baluran. Jurnal Tek. Lingkungan 11 (1) : 61-69

Finkeldey., 2005, Pengantar Genetika Hutan. Penerjemah; Edje D, Iskandar ZS, Ufah JS, Arti WK. Terjemahan dari: An Introduction of Forest Genetics, Fahutan IPB, Bogor.

Fischer, M., and D., Matthies, 1998. RAPD variation in relation to population size and plant performance in the rare Gentianella germanica. American Journal of Botany 86 : 811-819

Frankham, R. J. D. Ballou and D. A. Briscoe., 2002. Introduction to conservation genetics. Cambridge University Press.UK

Glaubitz JC and Gavin FM., 2000. Genetic tools: The use of biochemical and molecular markers. Di dalam: Young A, Boscher D, Boyle T, editors. Forest Conservation Genetic. Australia: CSIRO Publishing.

Grattapaglia D and Sederoff R., 1994, Genetic Linkage Maps of Eucalyptus grandis and Eucalyptus urophylla Using a Pseudo-Testcross : Mapping Strategy and RAPD Markers. Genetic 137 : 1121-1137.

Hamrick, J.L., 1982. Plant population genetics and evolution. American Journal of Botany Vol. 69 No. 10: 1685-1693.

Hamrick, J.L., and M.D., Loveless., 1989. The genetic structure of tropical tree population : associations with reproductive biology. In: Bock, J.H., Linhart, Y.B. (Eds.) The Evolutionary Ecology of Plants : 129–146 Westview Press. Boulder

Hamrick JL, Godt MJW and Sherman-Broyles SL. 1992. Factor influencing level of genetic dibersity in woody plant species. New For6: 95-124.

Handayani F., 2010, Kajian Permudaan Tumbuhan Langka Kulim (Scorodocarpus boneensis Becc) dan Komposisi Vegetasi Pohon Sekitarnya di Taman Nasional Tesso Nilo, Riau, Skripsi Fahutan IPB, Bogor (tidak dipublikasikan).

Hartati D, Rimbawanto A, Taryono, Sulistyaningsih E. Widyatmoko AYPBC., 2007. Pendugaan Keragaman Genetik di dalam dan antar Provenan Pulai Menggunakan Penanda RAPD . Jurnal Pemuliaan Tanaman Hutan 1 (2) : 89-98.

Heyne K., 1987. Tumbuhan Berguna Indonesia Jilid II (Terjemahan). : Yayasan Wanajaya. Jakarta.

Hilfiker K, Rolf H, Peter R and Felix G., 2004. Dynamic of genetic variation in Taxus baccata. Local versus regional perspective. Can J Bot82: 219-227

Ismail., 2001, Kajian Potensi dan Ancaman Kepunahan Kulim (Scorodocarpus borneensis Becc.) pada Hutan Alam di Provinsi Riau, Skripsi Fahutan IPB, Bogor (tidak dipublikasikan).

Kartika R, Simanjuntak P., 2013, Uji anti kanker kulit Kayu Bawang Hutan (Scorodocarpus borneensis) Terhadap Sel Leukimia L1210 dalam Prosiding Seminar Nasional Kimia, Universitas Mulawarman, Samarinda.

Khosravinia H, Murthy H N Narasimha, Parasad D Thertha, Pirany N., 2007, Optimizing factors influencing DNA extraction from fresh whole avian blood dalam African Journal of Biotechnology Vol 6 (4) 2007. P : 481-486.

Lusini, I., Velichkov, I., Pollegioni, P., Chiocchini, F., Hinkov, G., Zlatanov, T., Cherubini, M. and Mattioni, C., 2014. Estimating the genetic diversity and spatial structure of Bulgarian Castanea sativapopulations by SSRs: implications for conservation. Conserv Genet, 15: 283-293

Mangoendidjojo, W. 2003. Dasar – Dasar Pemuliaan Tanaman. Penerbit Kanisius. Yogyakarta.

Manoel, R. O., Alves, P. F., Dourado, C. L., Gaino, A. P. S. C., Freitas, M. L. M., Moraes, M. L. T. and Sebbenn, A. M., 2012, Contemporary pollen flow, mating patterns and effective population size inferred from paternity analysis in a small fragmented population of the Neotropical tree Copaifera langsdorffii Desf. (Leguminosae-Caesalpinioideae).Conserv Genet, 13: 613-623.

Martawijaya A, I. Kartasujana, Y.I. Mandang , S.A, Prawira K.K., 1989, Atlas Kayu Indonesia Jilid II, Departemen Kehutanan, Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian, Bogor.

Mogea, JPM, Gandawidjaja D, Wiriadinata H, RE. Nasution, Irawati., 2001, Tumbuhan Langka Indonesia, Puslit Biologi LIPI, Bogor.

Na’iem, M., 2001. Konservasi sumberdaya genetik untuk pemuliaan pohon. Dalam: Seminar Sehari Peletakan dasar-dasar dan strategi pemuliaan pohon hutan di Indonesia dalam rangka 70 tahun Prof. Dr. Hj. Oemi Hani’in Suseno. Fakultas Kehutanan UGM. Yogyakarta.

N. M. Heriyanto, dan R. Garsetiasih., 2004, Potensi Pohon Kulim (Scorodocarpus borneensis Becc) di Kelompok Hutan Gelawan Kampar, Riau dalam Buletin Plasma Nuftah Vol. 10 No. 1 Tahun 2004, Badan Litbang Pertanian, Bogor.

Nurtjahjaningsih ILG, Qiptiyah M, Tri Pamungkas, Widyatmoko AYPBC, dan Rimbawanto A., 2014, Karakterisasi Keragaman Genetik Populasi Jabon Putih Menggunakan Penanda Random Amplified Polymorphism DNA. Jurnal Pemuliaan Tanaman Hutan Vol. 8 No. 2 Tahun 2014, Balai Besar Penelitian Bioteknologi dan Pemuliaan Tanaman Hutan, Yogyakarta

Nybom H and Bartish IV., 2000. Effect of life history traits and sampling strategies on genetic estimates obtained with RAPD markers in plant. Plant Ecol Evol Syst3: 93-114.

Nybom H., 2004. Comparison of different nuclear DNA marker for estimating intraspecific genetic diversity in plant. Mol Ecol13: 1143-1155.

Ovesna J, Polakova K, and Leisova L., 2002, DNA Analyses and Their Aplication in Plant Breeding. Czech J. Genet, Plant Breed., 38, 2002 (1): 29–40.

Powel W, M. Morgante, C. Andre, M. Hanafey, J. Vogel, S. Tigey, and A. Rafalsky., 1996, The comparison of RFLD, RAPD, AFLP, and SSR (microsatellite) markers for germplasm analisys. Molcular breeding 2: 225-238.

Poerba YS, Martanti D., 2008. Keragaman Genetik berdasarkan Marka Random Amplified Polymorphic DNA pada Amorphophallus muelleri Blume di Jawa. Biodiversitas Vol 9 No. 4 245-249.

Rachmat, HH., 2008. Variasi Genetik dan Teknik Perbanyakan Vegetatif Cemara Sumatra (Taxus sumatrana). Tesis Sekolah Pasca Sarjana IPB, Bogor (tidak dipublikasikan).

Rachmawati I., 1998, Studi Lingkungan Fisik Kulim (Scorodocarpus borneensis Becc) di Areal HPH PT. Rokan Permai Timber Provinsi Riau, Skripsi Fahutan IPB, Bogor (tidak dipublikasikan).

Rahmayanti S., 2015, Pengalaman Observasi Kulim di Kabupaten Kampar, Riau dalam prosiding Workshop “Improving appreciation and awareness on conservation oh high value indigenous wood species of sumatera”. Balai Penelitian Teknologi Serat Tanaman Hutan, Kuok.

Rimbawanto A dan Widyatmoko AYPBC., 2011, Identifikasi Aquilaria malaccensis dan A. microcarpa Menggunakan Penanda RAPD. Jurnal Pemuliaan Tanaman Hutan Vol. 5 No. 1 Tahun 2011, Balai Besar Penelitian Bioteknologi dan Pemuliaan Tanaman Hutan, Yogyakarta

Russell JR., Johnson E., Hosein F., Waugh R., Powel W., 2000. Randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) Markers for the characterization of Cocoa germplasm. Di dalam : International workshop on corservation, characterization and utilisation of cocoa genetic resources in the 21st century. Trinidad: CRU : 92-103

Salisbury FB dan Ross CW., 1995., Fisiologi Tumbuhan. Jilid 3. Penerjemah : Diah R Lukman dan Sumaryono. Penerbit ITB. Bandung.

Sastrapradja SD., 1992, Ekonomi keanekaragaman hayati, Yayasan Obor. Indonesia.

Siregar IZ., 2000, Genetic Aspect of the Reproductive System of Pinus merkusii Jungh, et de Vriese in Indonesia, Gottingen: Cuvilier Verlag

Tingey, SV. J.A Rafalski, and J.G.K Williams., 1992. Genetic analysis with RAPD markers. In: Application of RAPD Technology to Plant Breeding. Joint Plant Breeding Symposia Series CSSA/ASHS/AGA. Minneapolis.

Weising K, Nybom H, Wolff K, Meyer W., 1995, DNA Fingerprinting in Plants and Fungi, CRC Press, Boca Rato.

Wiart C., 2001, Antimicrobial and Cytotoxic Compounds of Scorodocarpus borneensis and Glycosmis calicola, Tesis Faculty of Science and Environmental Studies, University Putra Malaysia. Kuala Lumpur.

Widyatmoko AYPBC, Rizki DA, Taryono dan A Rimbawanto., 2009, Keragaman Genetik Lima Populasi Gyrinops vertegii di Lombok menggunakan Penanda RAPD. Jurnal Pemuliaan Tanaman Hutan Vol. 3 No. 1 Tahun 2009. Balai Besar Penelitian Bioteknologi dan Pemuliaan Tanaman Hutan, Yogyakarta.

Widyastuti DE., 2007. Keragaman Genetik dengan Penanda RAPD, Fenotipa Pertumbuhan dan Pendugaan Heritabilitas pada Sengon (Paraserianthes falcataria (L) Nielsen). Tesis Sekolah Pasca Sarjana IPB, Bogor (tidak dipublikasikan).

Wulandari Y., 2008. Analisis Keragaman Genetik Kayu Afrika (Maesopsis eminii Engl.) Berdasarkan Penanda Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Skripsi Fahutan IPB, Bogor (tidak dipublikasikan)

Yeh FC., 2000., Population genetic. Di dalam: Young A, Boscher D, Boyle T, editors. Forest Conservation Genetic. Australia: CSIRO Publishing

Yuskianti Vivi., 2011, Fragmen Polimorfik Penanda RAPD untuk Analisis Genetik Sengon (Falcataria moluccana). Jurnal Pemuliaan Tanaman Hutan Vol. 5 No. 1 Tahun 2011, Balai Besar Penelitian Bioteknologi dan Pemuliaan Tanaman Hutan, Yogyakarta




DOI: https://doi.org/10.20886/jpks.2018.2.1.27-38

Refbacks

  • Saat ini tidak ada refbacks.


Jurnal Penelitian Kehutanan Sumatrana